Pola pengembangan tujuan wisata telah disusun oleh pemerintah daerah dengan pembagian beberapa wilayah untuk memudahkan pengelolaannya dalam Rencana Pola Pengembangan Pariwisata Kabupaten Cilacap:
a. Wilayah I
Wilayah pengembangan ini meliputi Kota Administratif Cilacap yang merupakan pusat berbagai kegiatan, disamping sebagai ibukota kabupaten, kota industri dan pelabuhan, serta kota pusat pelayanan wisata. Oleh karena terpusatnya berbagai kegiatan di kota Cilacap, maka perlu adanya penyebaran pengembangan wisata ke daerah-daerah lainnya, agar kunjungan wisatawan tersebar ke tempat lain yang pada akhirnya berdampak pada peningkatan kesejahteraan masyarakat sebagai akibat dari kegiatan aktivitas yang merata.
b. Wilayah II
Wilayah pengembangan ini meliputi wilayah pembantu bupati Kroya. Potensi kepariwisataan yang ada cukup mendukung, antara lain gunung Selok/Srandil, dan pantai Jetis, disamping itu terdapat berbagai kegiatan seperti batik dan kerajinan bambu. Wilayah ini juga dilalui jalur wisata Cilacap, Jatijajar-Gombong, dimana di wilayah tersebut terdapat obyek wisata yang potensial.
c. Wilayah III
Wilayah pengembangan ini meliputi wilayah pembantu bupati Majenang. Wilayah ini merupakan jalur pengembangan arus wisatawan dari Jawa Barat ke Jawa Tengah yang peranannya sangat penting dalam rangka meningkatkan arus kunjungan wisatawan ke Cilacap dan daerah lain sekitarnya. Daya dukung wilayah tersebut berupa fasilitas kepariwisataan yang cukup memadai terdapat pada obyek wisata Rawa Badak dan fasilitas akomodasi di kota Majenang.
d. Wilayah IV
Wilayah pengembangan ini meliputi wilayah pembantu bupati Sidareja. Potensi kepariwisataan di wilayah ini memang masih kurang bila dibandingkan dengan wilayah pengembangan lainnya, namum peranannya sangat positif karena merupakan jalur penghubung dengan Jawa Barat, dimana jenis transportasi yang dapat ditempuh adalah transportasi darat dan air.
e. Wilayah Pengembangan Segara Anakan dan Pulau Nusa Kambangan
Pengembangan Segara Anakan memerlukan kerjasama yang baik dengan pemerintah daerah Jawa Barat dan asosiasi kepariwisataan, karena wisatawan yang datang dari Jawa Barat melalui Segara Anakan maupun sebaliknya setiap tahun semakin meningkat. Untuk mendukung jalur wisata Segara Anakan diperlukan usaha pelestarian habitat hutan bakau yang terdiri dari berbagai jenis.